センター周辺の海岸に、飛石と床板を組み合わせた自然観察歩道(総延長約800m)を整備しています。九十九湾周辺の海岸の生きものが、手に取るように観察できます。
磯の観察路は場所によって波当たりの強さが違い、潮だまりができる場所など、変化に富んでいます。
イソガニコース、タイドプールコース、ヤドカリコースの3コースがあります。
磯の観察路の内の約200mには「ボードウォーク」が整備してあり、ベビーカーや車椅子でも利用できます。また、屋外タッチフィールドが整備されているので、高い波が打ち寄せている時でも、生きものとふれあい、観察することが出来ます。小さなお子様の磯遊びに最適です。